第二軍醫(yī)大學研究生院是全軍三所研究生院之一。第二軍醫(yī)大學是國家首批博士、碩士學位授權單位和首批在職人員申請碩士、博士學位單位和放權免檢單位，也是國家首批臨床醫(yī)學專業(yè)學位博士、碩士兩級授權試點單位。
　　第二軍醫(yī)大學非全日制研究生招收理學、工學、醫(yī)學、管理學等四個學科門類的學術學位碩士研究生和應用心理碩士、臨床醫(yī)學碩士、口腔醫(yī)學碩士、公共衛(wèi)生碩士、護理碩士、藥學碩士、中藥學碩士、軍事碩士、公共管理碩士等九個類別的非全日制研究生專業(yè)學位碩士研究生，并接收地方高校優(yōu)秀應屆本科生推薦免試攻讀碩士學位研究生。已建立法學、教育學、文學、理學、工學、醫(yī)學、管理學7個學位門類的研究生培養(yǎng)體系，博士學位授權一級學科6個，博士學位授權二、三級學科61個；碩士學位授權二、三級學科78個，碩士專業(yè)學位授權點3個（MPH、臨床醫(yī)學、口腔醫(yī)學），博士專業(yè)學位授權點1個（臨床醫(yī)學）。
　　招收的碩士研究生分學術學位和專業(yè)學位兩種，學術學位碩士研究生，非全日制研究生以培養(yǎng)從事基礎理論或應用基礎理論研究人員為目標，側重于學術理論水平和實驗研究能力的培養(yǎng)，學生畢業(yè)時授予相應學科門類的學術型學位；專業(yè)學位碩士研究生，以培養(yǎng)高級應用型人才為目標，側重于從事實踐工作能力的培養(yǎng)，學生畢業(yè)時授予專業(yè)學位。
　　第二軍醫(yī)大學研究生院始終堅持以科學發(fā)展觀為統(tǒng)領，以國家研究生教育“24字”基本方針為指導，以新時期軍隊高層次人才建設發(fā)展戰(zhàn)略和學校建設國際知名高水平研究型軍醫(yī)大學奮斗目標為總要求，不斷解放思想，開拓創(chuàng)新，大力加強研究生教育制度機制創(chuàng)新，穩(wěn)步推進研究生教育的規(guī)模、結構、質量、效益協(xié)調可持續(xù)發(fā)展，研究生教育步入了規(guī)范化的良性發(fā)展軌道。學校擁有一支結構合理、素質優(yōu)良、充滿活力的師資隊伍，現(xiàn)有碩士生導師414名、博士生導師184名，其中，中國科學院院士2名，中國工程院院士2名，國務院學位委員會學科評議組成員4名。國家重點學科26個，國家臨床藥理基地2個，“長江學者計劃”特聘教授崗位設置學科7個，上海市重點學科7個，上海市臨床醫(yī)學中心4個，博士后流動站6個。
　　建校以來，先后招收研究生8113名，其中博士生2397名，碩士生5716名；共授予學位5449名，其中博士學位1816名，碩士學位3633名。目前，在校研究生2000余名。獲得“全國百篇優(yōu)秀博士學位論文”10篇，位居全國醫(yī)科院校和全軍院校第一；優(yōu)秀碩士論文10篇；上海市優(yōu)秀博士論文29篇，優(yōu)秀碩士論文7篇；入選“國家研究生教學用書”3部；臨床醫(yī)學博士后流動站評為“全國優(yōu)秀流動站”。