佳木斯大學是在職人員申請碩士學位授予權單位，非全日制研究生專業(yè)學位授權學科包含臨床醫(yī)學碩士、口腔醫(yī)學碩士、工程碩士（含機械工程和材料工程）、教育碩士、應用心理碩士、會計碩士。佳木斯大學擁有科學學位和非全日制研究生專業(yè)學位2個培養(yǎng)類型，碩士學位授權一級學科10個、碩士學位授權二級學科7個，涵蓋了醫(yī)、工、文、理、法、藝術學等六大學科門類,形成了培養(yǎng)類型較為齊全的研究生教育培養(yǎng)體系。佳木斯大學被批準為博士學位授予權立項建設單位。
　　佳木斯大學現有共享院士5人，兼職博士生導師13名，碩士研究生導師522人，省級教學名師4人，省級優(yōu)秀研究生導師10人，省屬高校新世紀優(yōu)秀人才6人；省優(yōu)秀教學團隊2個，省優(yōu)秀研究生導師團隊2個，黑龍江省高�？萍紕�(chuàng)新團隊2個。學校有國家級特色專業(yè)3個、省級重點學科7個、重點培育學科2個、省級精品課程15門、教育部工程研究中心1個，省級高校重點實驗室3個，博士后科研工作站2個。目前，全校已有16個學院（部）擁有碩士點，在校各類研究生總數已達1397人，其中全日制在校研究生1292人，在職碩士研究生364人，留學研究生50人。
　　佳木斯大學始終把研究生培養(yǎng)質量作為生命線，不斷深化研究生教育教學改革，把好招生、培養(yǎng)、管理和學位授予各個環(huán)節(jié)的質量關，研究生生源質量不斷提高，研究生創(chuàng)新能力不斷增強，研究生綜合素質得到了全面提升。學校適應社會對高層次人才的需要，確立了多元、分類和創(chuàng)新的培養(yǎng)目標，重點加強了專業(yè)學位研究生的創(chuàng)新能力和實踐能力的培養(yǎng)，重新構建了研究生課程體系，建設了3門省級研究生創(chuàng)新課程，形成了研究生課程準入、淘汰機制。每年投入專項經費用于研究生教改項目，實施研究生創(chuàng)新課程建設計劃，設立了佳木斯大學研究生創(chuàng)新基金、研究生科研獎學金，加強研究生創(chuàng)新思維的訓練和創(chuàng)新能力的培養(yǎng)。目前已與佳木斯煤礦機械有限公司等企業(yè)合作建設了省級研究生創(chuàng)新培養(yǎng)示范基地4個，獲得省級研究生創(chuàng)新科研項目136項。
　　重視加強對導師隊伍的管理，嚴格導師遴選、考核工作，形成了“按需設崗、能上能下”的導師動態(tài)管理機制，進一步提高了導師隊伍的整體素質和指導水平。學校還積極探索與國內高校、企事業(yè)單位聯合培養(yǎng)研究生，先后與黑龍江省醫(yī)院、大慶油田總醫(yī)院等10余家單位簽訂了聯合培養(yǎng)研究生協(xié)議；與北京科技大學、哈爾濱醫(yī)科大學等國內高校開展科研合作和聯合培養(yǎng)博士研究生，有效提升了佳木斯大學非全日制研究生的培養(yǎng)能力和培養(yǎng)質量。