華東理工大學生物工程學院設生物工程(含生物醫(yī)藥新工科、中德聯(lián)合生物工程)、生物科學(含應用化學-生物科學雙學位)、生物技術、食品科學與工程、食品質量與安全5個本科專業(yè)。研究生培養(yǎng)設置了生物工程(一級學科)、生物學(一級學科)和生物化工(二級學科)3個學術型博士點(可招收碩士、碩博和博士生),食品科學一級學科學術型碩士點(可招收碩士生),生物與醫(yī)藥專業(yè)學位博士點(可招收生物工程和食品工程方向專業(yè)型碩士和博士生)。學院現(xiàn)設生物工程、化學工程與技術(分站)和輕工技術與工程3個博士后流動站。