天津醫(yī)科大學(xué)在職研究生基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院李俊教授團隊最近開發(fā)了一套基于腫瘤基因組突變的藥物響應(yīng)分析生物信息平臺，助力精準(zhǔn)醫(yī)療，論文發(fā)表在《Nucleic Acids Research》(2015年影響因子9.202，5年影響因子8.647)，題目為“mTCTScan: a comprehensive platform for annotation and prioritization of mutations affecting drug sensitivity in cancers”。

　　不斷突變的腫瘤基因組是影響抗腫瘤藥物(特別是腫瘤靶向藥物)有效性的主要因素。多種小分子激酶抑制劑和單克隆抗體藥物已被成功的用于癌癥治療，并且大部分這些靶向藥物依賴特定的基因組突變。越來越多的臨床試驗和腫瘤細(xì)胞系研究也表明大量的腫瘤基因組突變和藥物敏感性存在因果關(guān)聯(lián)，但絕大多數(shù)這些藥物響應(yīng)相關(guān)的腫瘤突變信息未被應(yīng)用于指導(dǎo)藥物開發(fā)，重用和臨床使用。當(dāng)前，隨著精準(zhǔn)醫(yī)療的推進，類似NCI-MATCH的大規(guī)模腫瘤靶向藥物臨床試驗將揭示更多的腫瘤突變依賴的藥物響應(yīng)結(jié)果，為深入指導(dǎo)腫瘤治療方案的制定提供了臨床數(shù)據(jù)，同時也為同病異治和異病同治的實踐提供有力依據(jù)。

　　雖然目前已經(jīng)存在多種數(shù)據(jù)庫資源(例如德州大學(xué)安德森癌癥中心的Personalized cancer therapy數(shù)據(jù)庫和華盛頓大學(xué)的Clinical Interpretations Of Variants In Cancer數(shù)據(jù)庫)能夠查詢腫瘤突變依賴的藥物響應(yīng)信息，然而，目前還沒有生物信息學(xué)分析工具能夠結(jié)合整個腫瘤基因組的突變譜，從基因組水平上對腫瘤藥物敏感性進行分析和可行性突變(actionable mutation)排序。在本項目中，天津醫(yī)科大學(xué)李俊教授課題組和香港大學(xué)研究人員開發(fā)了一個名為Mutation To Cancer Therapy Scan的網(wǎng)絡(luò)服務(wù)器，或者簡稱為mTCTScan(http://147.8.193.36/mTCTScan)，可以基于給定的癌癥基因組譜分析突變腫瘤藥物關(guān)聯(lián)。研究人員從文獻和公共資源中策劃和編制已知的癌癥藥物-突變關(guān)聯(lián)數(shù)據(jù)，并結(jié)合Genomics of Drug Sensitivity in Cancer資源中的癌癥功能事件和藥物敏感性之間的細(xì)胞系水平關(guān)聯(lián)數(shù)據(jù)。通過使用基于證據(jù)的統(tǒng)計評分策略，mTCTScan能夠整合所有與癌癥藥物和臨床前化合物的關(guān)聯(lián)來排優(yōu)化可行性突變，并結(jié)合整個癌癥基因組譜(而非單個的基因突變)來分類抗腫瘤藥物/化合物。另外，mTCTScan還納入了全面的癌癥相關(guān)突變注釋和藥物信息，包括突變基因組特征，突變種系/體細(xì)胞發(fā)生率，不同生物過程中突變的已知和預(yù)測的致病性/有害性信息，突變保守性信息，藥物描述和臨床試驗信息等，以更好地解釋突變對藥物敏感性的影響。相信通過使用mTCTScan的資源和計算方法，不管是藥物基因組學(xué)研究人員還是腫瘤臨床醫(yī)生都可以更好的解讀腫瘤基因組和藥物敏感性的因果關(guān)聯(lián)。

　　天津醫(yī)科大學(xué)李俊教授團隊長期致力于使用生物信息學(xué)方法研究功能基因組和遺傳突變，尤其是有關(guān)影響基因調(diào)控的非編碼遺傳變異和功能元件。先后設(shè)計和開發(fā)多種人類基因組和遺傳學(xué)領(lǐng)域的算法，數(shù)據(jù)庫和在線平臺。例如全基因組關(guān)聯(lián)知識庫GWASdb，預(yù)測調(diào)控變異的算法平臺GWAS3D得到國際同行廣泛認(rèn)可，被大量高水平期刊引用。李俊教授目前正結(jié)合腫瘤細(xì)胞系的藥物篩選數(shù)據(jù)、深度學(xué)習(xí)和基因編輯等技術(shù)手段研究腫瘤藥物基因組學(xué)。